GROMACS全名为GROningen MAchine for Chemical Simulations，是一款由荷兰Groningen大学开发的分子动力学模拟软件包，现在则主要由Uppsala大学, 斯德哥尔摩大学 以及马普学会聚合物研究所共同维护。
由于针对不同的系统其代码进行了高度优化，GROMACS是目前最快的分子动力学模拟软件. 此外，由于支持不同的分子力场以及按照GPL协议发行，GROMACS拥有很高的可定制性。在著名的分布式计算项目Folding＠Home中，就采用了一个经过特殊许可的非GPL版本的GROMACS作为客户端。
一 下载安装
（一）非并行版本
系统要求：ANSI C编译器，可能需要Fortran编译器。
1. 为了进行傅立叶变换，首先下载安装FFTW：
（1）到http://www.fftw.org/下载最新版本的FFTW源代码，目前最新版本为FFTW 3.2.1，下载地址为http://www.fftw.org/fftw-3.2.1.tar.gz
（2）执行以下命令解压缩并进行编译安装：
$ mkdir -p $HOME/gromacs
$ mkdir -p $HOME/gromacs/fftw-3.2.1
$ gunzip fftw-*.tar.gz
$ tar -xf fftw-*.tar
$ cd fftw-*
$ ./configure –enable-float –enable-threads –prefix=$HOME/gromacs/fftw-3.2.1
如果您的CPU支持SSE指令集，请添加–enable-sse选项
$ make
$ make install
（3）到http://www.gromacs.org/下载最新版本的GROMACS源代码，目前最新版本为GROMACS 4.0.3，下载地址为ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.3.tar.gz
（4）执行以下命令解压缩进行编译安装：
$ mkdir -p $HOME/gromacs/gromacs-4.0.3
$ gunzip gromacs-*.tar.gz
$ tar -xf gromacs-*.tar
$ cd gromacs -*
$ export CPPFLAGS=-I$HOME/gromacs/fftw-3.2.1/include
$ export LDLAGS=-L$HOME/gromacs/fftw-3.2.1/lib
$ ./configure –prefix=$HOME/gromacs/gromacs-4.0.3 –with-fft=fftw3
$ make
$ make install
（二）并行版本
******等待完成******
最后，为了方便起见，将GROMACS可执行文件所在位置加入$PATH变量中。
参考文献：
http://www.gromacs.org/content/view/19/32/
http://en.wikipedia.org/wiki/Gromacs
