Category: 爱好

相对于科大的猫，科大的狗无疑要少了很多。
    然而数量稀少并不见的被人更加地珍惜，至少在科大保安们的眼里，这帮家伙们闪闪发亮地只有锋利的牙齿和锐利的爪子，从来都是打击镇压的对象，于是在校园暴力部门的强力镇压下，三年来我见过的道哥屈指可数，能让我至今还记忆犹新的唯有西区站牌小黑，东图大花，还有母狗大狗灰。
    站牌小黑是一条混有京巴血统的流浪犬，有着一身不逊于成龙大哥猛揉霸王洗发水才有的乌黑靓丽的毛发，以及一代帅锅梁朝伟唏嘘忧郁的眼神，相对于其他流浪地本地土狗，这条混血京巴IQ明显也要略高一筹，它居然知道每一天总有那么几个时段，从某个神秘的地方会走过来过来一个长条形的绿皮妖怪，只要自己乖乖往妖怪身前一坐，绿皮妖怪就会张大了嘴，吐出一些个小小人儿，拿着火腿肠，饼干，阿牛奶糖兴高采烈地
送到自己嘴边。
    神啊，这是何等地荣耀和幸福！
    然而童话总是短暂的，在一个炎热的暑假之后，站台小黑忽然消失再也没有回来，等车的人们也不再谈论这条聪明的小狗，而是讨论起一个个pp的站台mm淡淡的细眉温柔的笑容，现在的师弟们或许会看到更多清纯靓丽的容颜，却再也看不到那些没有星星漆黑等车寂寞的夜里，总有一只乖巧忧郁的小狗和我们一起静静等着那辆绿皮车的到来。
    东图大花出现在我们眼前是在一个萧索零落的深秋。
    校园里到处飘落着法国梧桐宽大的落叶，一只花斑大狗踩着落叶，静悄悄地出现在我们眼前。
    大花选择了图书馆边一颗大大的松树作为它临时的窝，我一直不明白为什么这些流浪的猫儿狗儿们为什么不到油水最多的食堂门口去觅食，反倒是尽往学生多的地方钻，小黑如是，大花亦如是，难道它们清澈的目光能够穿透人类多变的面容直指灵魂的深处还是它们的先祖曾经趴在老子的脚下聆听过祸兮福之所倚福兮祸之所伏的真谛？
    这一点它们比某些盲目狂热的人们要聪明的多。
    大花趴在松树下，一趴就是一个多月，仿佛对站起来奔跑早已失去了往昔的热情，全靠学生们从食堂打包的饭菜以及图书馆残留的零食聊以度日，我尝试着喂过它大排，辣椒，土豆，大白菜，烤鸭骨头，肉丝炒饭，鸡蛋炒饭，清蒸粉蒸肉，只要我吃过的，都喂过。发现它就对瘦肉还保持了一丝热情，连骨头都不屑于啃。不知是年纪大了，牙口不好，还是这食堂的饭菜真TMD地难吃？
    北方寒冷的空气打着卷儿带走了地面上最后一丝热量，大花竭力的将肚皮紧紧地贴在枯死的松叶上，试图挽救这热量的流逝，然而一场朦胧的秋雨将大花所有的努力化作乌有，冬天不可避免的到来了。图书馆里上自习的一对小鸳鸯，不知从哪里找到几个旧箱子，以猫和老鼠里那只满脸横肉的大狗的小窝的原型为大花搭起一个精致的狗棚。到底是中国纯血的土狗，愣是不肯接受美帝国主义腐朽堕落的格调，就算把小窝拿起来放
在它身上，大花也会努力拱出身子，哀怨的望着那对小鸳鸯，死死地贴在松树根部，不肯动弹。
    于是乎，经常路过东图的同学也许会看见东图边上那颗巨大的松树下旁边有一个精美的小纸屋，上书dog’s home，里面还有一些牛奶，香肠，一条冻得瑟瑟发抖的大狗，耷拉着眼皮趴在旁边一动不动，怨念丛生……
    终于有一天朦胧的细雨化作瓢泼大雨怒吼着冲走了城市里纷扰的尘埃，狂风掀翻了纸质的小屋，雨水冲刷去松树下蓬松的针叶，校园里白茫茫的一片，只有水精灵们在这茫茫雨幕中手拉着手欢快的唱着歌，大花也在这歌声中消失不见了。
    那年的冬天似乎格外的寒冷，我站在实验室的窗前，看着手里的暖茶袅袅升起的青烟在玻璃上刻画着朦胧的诗篇，目光却穿透这片温暖扑捉到窗外凛冽的森然，大花，估计是熬不过这个冬天了吧。
    然而，神的荣光普照万物，大花这只老狗不如如何感动了瞎眼的苍天，在一声得意的长嚎中迎来了春风拂晓般的温柔，在东西区那个金融物资学校的门前，大花紧贴着墙根拖着一只残腿跑得正欢，虽然腿折毛落瘦骨嶙嶙，但是精神气儿十足，一双狗眼贼溜
溜地东瞅西看，夹紧着尾巴嗖嗖地往前蹿去……
    那是我最后一次看见大花，大约也是两年以前的事了，很多人，很多事，就如同大花一样从我们的生活中缓缓蒸发，不坐下了静静的回想，也许一辈子也不再会想起了。
    回忆本就是生命的一部分，可是很多事我们却不愿再想起。
    大狗灰的故事就是其中一例。
    大狗灰是一只怀孕的母狗，饥肠辘辘中发现东区女生宿舍到化学楼这段天堂之路，在众mm母性光辉的照耀下，大狗灰终于成功诞下一只小小的幼仔。要说这狗吧，还真是很有灵性，它看你伸出手去，就明白你到底是想友好地抚摸它的脑袋还是恶狠狠地勒住它的脖子，大狗灰身处屋檐下又怎生不明白这个道理，众mm亲热之余偶尔揩揩油水，捏捏它的耳朵，玩玩它的小腿，只要不是太过分，看在肉肠的面子上，也就忍了，然而龙尚有逆鳞何况大狗灰乎？大狗灰的逆鳞自然就是它的小崽儿了。
    人都是喜新厌旧的动物，玩大狗灰玩常了自然也就玩腻歪了，倒是它刚产下的那只小崽，楚楚可人，我见尤怜，不少人都打起了它的注意，但是看着大狗灰锋利的牙齿以及三角眼里偶尔流露出来的凶光，也就是在脑袋里yy一下罢了。
    人说饿死胆小的，撑死胆大的，自然也就有不怕死的。
    传说，仅仅是传说，一位XX一次偶然看到大狗灰同它的崽儿嬉戏，也想与它们共乐之。然而大狗灰纵然有大智慧，也未想过独乐乐与众乐乐孰乐这个深刻的命题，看着远远伸向小狗崽儿的黑手，母性的本能战胜了生存的智慧，大嘴一张，獠牙一挥，黑手上立马就多了一道血淋淋的伤口。
    狗咬了人一口，人当然不会反咬它一口，但是可以通过别的手段彻底抹杀它的存在。
    黑手向校园强力暴力部门痛诉校园里出现一条乱咬人的野狗，并且出示刚出炉热气腾腾的证据，暴力部门愤怒了，这不是在挑衅自己的权威吗？这不是往自己脸上抹黑吗？二话不说，抄起几根打狗棍，逮着大狗灰一通乱打，一缕香魂飘飘荡荡，又重归于天地间。
    以上内容，纯属八卦，小道消息，无法保证其准确性，诸位看官且不要深究细节出处，一笑而过即可。
    大狗灰究竟为何而死我未能亲见，然而它冰冷的尸体躺倒在化学楼的车棚前，倒是被众多路人瞧得仔细。灰不溜的大脑门上沾满了鲜血，两眼爆凸，长长的舌头耷拉在嘴外，一股股的鲜血混杂着口中的白沫顺着斜坡缓缓的往下流淌，传说中的小狗崽儿也不知了去向。
    匹夫无罪，怀璧其罪。做狗也是一样的道理，匹狗无罪，护崽其罪，人家要摸，你当做没看见就是了，摸两把又不会死，咬什么咬，人类几千年发展史上，亲手奉上自己儿女供上位者淫乐的大有人在，你一只小小的狗儿发什么脾气，可笑啊可笑！
    小小的狗儿纵然懂得人心冷暖世态炎凉，却也参不透人性中尔虞我诈，勾心斗角，谄上媚下的伎俩，它心中最最珍贵不让别人染指的宝藏在他人眼里不过就是逗人一乐的道具罢了。没有乐到反被其伤自然是应该压碎成泥碾作尘化作灰灰而去的。
    三条曾经流浪在校园的小狗的故事到此就全部结束了，有时候不经意会回想起它们的身影，不是因为我有一颗多么仁慈博爱的心，而是因为离开了故乡多年，面对着这纷纷扰扰的缤纷社会，蓦然回头，发现自己何尝不是也在流浪？

 如果谁要是问谁是科大最最幸福的生物？想必只有科大校园里这群自由散漫的猫儿们了。
    它们从不为GPA发愁，也没有想过飞跃重洋与加菲猫为伴。
    它们也不必为科研而感到忧虑，只需要每天看着月亮升起然后落下。
    它们可以蹲在地板上等着众人前来喂食，甚至可以在温暖的春夜里吟诵着爱的咏叹调。
    这就是科大的猫儿，让人嫉妒让人眼红的猫儿。
    在某种意义上，这些猫儿甚至是某些深闺学子们精神上的图腾。
    它们无忧无虑，它们自由散漫，最逊的猫儿也都会用眼神鄙视着来来往往不给它们食物的行人们，管你是看门大妈还是中科院院士。
    所以就有人喂他们火腿肠，酸奶，还有奶糖，事实证明猫儿不喜欢吃奶糖，不像我家大黑。
    我从来不会专门跑去买肠喂它们，那纯是钱烧得慌。
    只是本着我有得吃你也有得吃的原则，分他们一些倒也无妨。这一点我家大黑跟我配合很好，我吃大白兔，它吃阿尔卑斯；我吃小黄鱼，它吃鱼骨头；爹妈不在家，我吃可乐泡饭，它吃……嗯，它跑到隔壁家偷鸡吃。
    相比之下，科大的猫咪们对食物显然要挑剔很多，糖不吃，大米饭不沾，更不会去吃绿油油的蔬菜。
    它们所钟爱的只有三样：猪肉！猪肉！还是猪肉！
    这一点和我配合的很好。
    挑食的它们甚至连烹饪的没有滋味儿的鱼肉都不沾，很没有天理的一件事，但确是事实。
    前些日子，和室友去川人川腐败，酒足饭饱后，发现还有半盘锅巴鱿鱼和辣子鸡没有消灭掉，本着不浪费的原则，我想起了7号楼8号楼中间的那群猫咪大爷们。
    费了半天事，还冒着热气的干锅鱿鱼、辣子鸡毕恭毕敬地端到这群大爷们的面前。
    它们倒也不认生，大大方方地挪动一下它们的肥屁股，细细地在两碟菜前闻了闻，然后喵喵叫了两声，又爬回去，继续假眯着稀松睡眼，举抓投足间，姿势浑然天成，仿佛我只是横亘在它们眼前的一快石雕。
    怒槽爆满，必杀技一触即发！但是身为人类的我不能和猫一般见识，下午再来看时，发现锅巴鱿鱼里的火腿肠没了，鱿鱼还是一点没少，我承认这家饭店鱿鱼烧得很没味，但是能达到猫不沾腥的境界还是难能可贵。倒是这火腿肠，当时看着肉色发黑，愣吓得没敢吃，猫大爷们倒是丝毫不介意，吃个精光，而辣子鸡早就被某酷猫一脚踢翻在角落里。
    而这群没有爱的猫儿们却收到科大学子们如长江泛滥般浓浓的爱意。
    其中翘楚者非老白莫属。
    老白，一只挂掉经年的老肥猫，至今活在我的脑海里。
    那厮，又肥又懒，胖的一P,每天最大的运动就是趴在石头上晒太阳，外加咀嚼食物，别的猫咪你喂它时至少还会殷勤地呻吟两声，老白这厮，年老成精，动都不动，顶多瞟过一道它那独有的目光审判你和你的供奉。
    目光之犀利，鄙视之深刻，天下之大，无猫能出其右。
    不过这厮也够衰，好不容易走几步路，穿过马路时，惨被汽车碾死。
    老白就这样嗝屁了，以一种非常不符合它个性的惨烈的死法印在我们的脑海里，牢牢霸占了当天瀚海十大前三条，以一种排山倒海的气势掩盖了当天中国政坛失去老黄的震荡。
    在科大，我们可能更关注一只诗意的栖居在身边的猫，却不管象牙塔外的风云变幻。
    这是一种很单纯的美丽，也许这也是科大本身的一种魅力所在。
    老白走后，再也没有别的猫咪能够再现老白明星般的风采。
    除了生了宝宝又离奇坠楼身亡的大花在picture版引起一股福尔摩斯的风潮，中白，小白，花皮，虎妞，都默默行走在前辈的阴影下，自由而幸福的生活着。
    它们有着我们羡慕的一切：自由、猪肉、和……猫女。
    而我们却在清汤挂水的食堂里吃斋，一边遥想着遥不可及的PP，一边窥视着窗外不属于我们的PP的女人们。
    我们有可能的美好幸福的明天。
    它们有可能性更大的美好幸福的下一代。
    到底谁更加地幸福？
    每年的新血换旧血，科大校园又迎来了一批又一批新生，换上擦新铮亮的黄拖鞋，旧的拖鞋被扔在垃圾箱里而泯灭，如同它们的主人一般消失在茫茫人海里。
    每年春天的造猫运动，科大校园又诞生一批小白，小小白们，继承了它们祖先高傲的灵魂，以它们犀利独行的目对峙着几千学子傻傻怜爱的目光。
    上帝说：要有爱，有爱才能上天堂。
    老白说：无爱也能幸福一生，哪管死后洪水滔天。
    我说：老白不乖，不是一只好猫。
    But who care you？
    Who are you？
    我们卑微而无奈的生活在这个世界上，惊恐着星辰的力量，上帝的荣光，在生命的消逝与不甘中寻找快感，在同类淋漓的鲜血中绽放微笑，我们手持恶魔之剑口吟上帝之言，只缘我们是生存在生物链顶端的王者——人类。
    非常无耻地想过也许几十年以后，有幸无比幸福得牵着一溜十八小妞的手，前呼后拥满身铜臭再回校园信口雌黄指点江山，不知那时会不会记起尘封在回忆的垃圾堆中的黄拖鞋，会不会再看到小小小小白们那些桀骜不逊的目光。会不会再想起曾经某个漆黑的夜里，我向上帝许愿，如果会有来生，我宁愿做一只科大校园里自由散漫的猫。

$ mkdir -p ~/project
$ cp ~/gromacs/gromacs-4.0.3/share/gromacs/tutor/speptide/*.pdb ~/project

$ cd ~/project

这是一个S－多肽的PDB结构文件，大家可以用任何一款支持PDB格式的分子可视化软件（如Molden，Rasmol，Jmol等）进行查看，如图所示：

对此分子进行溶液相中的分子动力学模拟大致分为以下步骤：

• 将PDB文件转换成GROMACS的结构文件（*.gro）和拓扑文件（*.top）
• 在水箱中对分子进行溶剂化
• 在水箱中对分子进行能量最小化
• 如果需要的话，向溶剂中添加离子（此处忽略）
• 在有束缚的情况下，对分子进行一次短暂的分子动力学模拟
• 在没有束缚的情况下进行完全的分子动力学模拟
• 分析结果

下面是具体进行的操作：

1. 利用pdb2gmx程序将PDB文件转化为GROMACS格式。

执行以下命令：

$ pdb2gmx -f speptide.pdb -p speptide.top -o speptide.gro

运行后会要求用户选择合适的分子力场。这一步将会由原始的PDB文件得到结构文件speptide.gro以及相应的拓扑文件speptide.top，二者都是ASCII文件，可以使用文本编辑器进行查看。此外，还有一个posre.itp文件，被称做”包含拓扑文件”。对于pdb2gmx程序的其他用法请参阅GROMAS的在线参考手册或运行：

$ pdb2gmx -h

2. 在水箱中对分子进行溶剂化。
这一步通过使用editconf和genbox两个程序实现。前者用来生成一个包裹整个分子的长方体空箱，后者则会读取结构文件并向其中加入水。执行以下命令：

$ editconf -f speptide -o out.gro -d 0.5
$ genbox -cp out.gro -cs -p speptide.top -o b4em.gro

genbox还会修改相应的.top文件，执行tail *.top即可看到genbox加入的溶剂分子的量。

3. 溶剂相的能量最小化。

这一步骤的目的在于消除加入溶剂后肽分子内部的张力，并调整间距小于反的话半径的过于接近的分子。
这一步骤将会用到mdrun程序。在运行之前，需要对已有的.gro文件和.top文件进行预处理，并且编写mdrun需要的参数文件energy_minimization.mdp。
首先来编写参数文件energy_minimization.mdp，其内容如下：

接下来进行.gro文件，.top文件和.mdp文件的预处理。按照mdrun程序的要求，必须首先将.gro文件，.top文件以及.mdp文件预处理成为.tpr文件（run input file），然后输入mdrun进行处理。我们用到的预处理程序名为grompp。运行以下命令：

$ grompp -v -f energy_minimization.mdp -c b4em.gro -p speptide.top -o energy_minimization.tpr

运行完成后即可得到mdrun的输入文件energy_minimization.tpr。接下来我们可以通过mdrun来进行能量最小化了：

$  mdrun -v -s energy_minimization.tpr -o after_energy_minimization.trr -c after_energy_minimization.gro

得到三个文件：after_energy_minimization.gro，after_energy_minimization.trr和ener.edr，第一个是优化后得到的结构文件，第二个是优化过程的轨迹文件，最后一个则是系统能量变化。

4. 束缚的分子动力学优化。
这一步骤的目的在于在限制原子运动空间范围的情况下，对体系进行短暂的优化。需要对相应的.top文件进行修改以加入束缚条件。在speptide.top中有这样一段：

#ifdef POSRES
#include "posres.itp"
#endif

事实上这是一个条件包含语句，仅仅当变量POSRES的值被设置时，才会包含posres.itp中的内容。这样我们就不需要修改.top文件，使用相同的.top文件也可进行自由状况下的分子动力学模拟。因此，我们只要在相应的.mdp文件中对POSRES变量的值进行设置即可实现束缚状态下的动力学优化。建立参数文件position_restraints.mdp，内容如下：